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病理解剖显示小肠活检仅显示轻微炎症。绒毛细胞有变形的微绒毛或没有微绒毛的大假足细胞质突起，从顶端细胞表面延伸到肠腔。隐窝细胞也有延伸到隐窝腔的假心影突起。
上皮细胞包括线粒体肿胀和嵴消失、高尔基囊泡增加、内质网扩张和囊泡形成。死亡患者的主要病理变化为严重脱水：早期皮肤干燥发绀，皮下组织和肌肉干燥。内脏浆膜暗沉，肠内充满米泔水样液体，胆囊内充满粘稠胆汁。
心、肝、脾等器官减少。肾小球和间质毛细血管扩张，肾小管肿胀浑浊，变性坏死。其他器官也有出血、变性等改变。
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