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急性期过后，胆管溃疡为疤痕修复，纤维组织增生，造成胆管的瘢痕性环状狭窄。狭窄近端胆管更加扩张，管壁增厚，腔内充满色素性结石。严重者扩张的胆管宛如小肠。
由于胆管壁缺乏平滑肌纤维，扩张后难以恢复到正常管径。肝内胆管的改变也呈类似变化。长期梗阻性黄疸，肠道内缺乏胆盐，影响脂肪溶性维生素K等吸收，同时常有肝脏功能受损，凝血酶原合成减少，常有凝血机制障碍，有出血倾向。
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