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北华大学基础医学院成立于2007年5月，其前身为吉林医学院基础医学部。1984年5月前全称为吉林医学院医学基础部，1984年5月合并于吉林医学院医学系，1987年7月恢复成立吉林医学院基础医学部。
吉林医学院基础医学部共有教职员工150余人，下设14个教研室，7个教学实验室，4个专业研究室和1个中心实验室。有1个病理学与病理生理学硕士授权点，每年招生2名。
1999年10月北华大学成立，基础医学部隶属于北华大学医学院。2007年5月成立北华大学基础医学院，首任院长何欣，党总支书记刘玉和;2010年6月增选芦丽莉同志为教学副院长;2016年5月刘玉和书记调出，张维瑜同志任基础医学院党总支书记。
2018年5月恢复成立北华大学医学院，撤销基础医学院，学院下设基础医学部。
2020年7月恢复北华大学基础医学院建制，院长李咏梅，党委书记张维瑜，教学副院长王海鹏，科研副院长于春艳。
学院现有教职工105人，下设基础医学理论教学中心、实验教学中心、科学研究平台、创新创业实践教育基地。涵盖12个教研室，5个实验部。建有省级重点实验室1个，省级创新研究中心1个;省级实验教学示范中心1个，省级拔尖人才培养基地1个，市厅级科技创新团队2个，校级优秀教学团队1个。现有基础医学一级学科硕士学位授权点1个，覆盖人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学、病原生物学、免疫学、法医学5个二级学科。
