北京脑重大疾病研究院(简称“脑院”)是2012年8月由北京市批准成立、挂靠于首都医科大学、具有独立法人全额拨款的事业单位，是首都科技体制机制改革的试点单位。脑院通过协调首都医科大学及附属医院神经科学方面的优势资源，探索事业单位与企业结合的双轨运行机制，以高水平神经科学的学科为基础，以重大发现、重大发明为目标，形成科学研究、成果孵化和人才培养的平台基地。

脑院实行理事会领导下的院长负责制，理事会为脑院事务决策机构，负责日常事务和重大事务的决策机制;科学指导委员会作为脑院最高学术领导机构，理事会授权科学指导委员会对学术问题作最后决定，实现学术设计、学术评价和学术推动的决策机制。脑院下设脑卒中、阿尔茨海默病、帕金森病、脑肿瘤、癫痫、神经损伤与修复、抑郁症以及精神分裂症8个研究所;综合、人事与外事、科技与开发以及财务4个办公室。 首都医科大学宣武医院副院长、神经病学与卫生事业管理学博士生导师吉训明教授受学校党委任命，担任脑院院长及法人代表;各研究所所长和副所长由国内本领域优秀的临床专家和基础研究专家分别担任;脑院管理人员均为研究生以上学历，其中博士研究生4人。

脑院由专任(编制在脑院)、兼任(编制在脑院以外的首都医科大学及附属医院)以及兼职(编制在首都医科大学及附属医院以外)教授三种形式组成研究团队。目前共有专任、兼任、兼职教授共130人(其中专/兼任79人，兼职教授51人)。目前已建立利益分配、成果共享与风险分担的机制;在国家需求的前提下，以项目团队为基础，建立学科团队整合机制和以任务为驱动的人才聘任机制，实现领域内外相关学科团队协同增强研究实力和水平，解决相应问题推进研究进展;以培育和建设项目经费配置为基础，建立研究与成就的考评与激励机制，激励专家和学科团队实现可预期的重大发现;以专利效益回报或股权效益回报为基础，激励专家和学科团队实现可应用的重大发明;以岗位聘任津贴和劳务津贴为基础，激励专家和学科团队积极置身中心的建设和发展;建立人才培养评价制度，对于由脑院经费支持的各级各类人员培养实行入轨遴选、过程评价和结果评估，实行滚动准入和退出机制;建立有效的协同单位之间的协调机制，以理事会为最终协调机构，形成协同单位在学科、人才、信息、条件和项目等方面的资源汇集和协调机制。

2012年，首都医科大学倡导，与世界前50强学校中的美国哈佛大学、麻省理工学院、约翰·霍普金斯大学、瑞典卡罗林斯卡医学院、加拿大不列颠哥伦比亚大学、澳大利亚墨尔本大学、法国巴黎第六大学共同发起建立的国际转化神经科学联盟(International Alliance for Translational Neuroscience，IATN)是目前国际最大的转化神经科学联盟。IATN由脑院负责总体运行与联络，王晓民教授担任IATN主席，徐志卿教授担任IATN秘书长。IATN以转化医学理念为指导，针对人脑重大疾病，利用首都医科大学丰富的临床资源及外方的先进理念开展合作研究;以脑重大疾病为主题方向的联合学术研讨会和讲习班作为学术交流平台，加强校际合作和学科交叉，探索疾病发病机制和干预手段，同时通过联合培养研究生的模式促进科研和教育的合作，培养和打造转化神经科学研究的领军人才。