内蒙古医科大学基础医学院前身为内蒙古医学院基础医学部，始建于1956年。当时在北京医学院、中国医科大学、哈尔滨医科大学等国内知名医学院校的支援下，组建了基础医学与公共基础课程各学科教研室。1959年5月正式建立基础医学部，承担全校基础医学和公共基础课程的教学和科研任务。2004年12月学校机构改革将公共基础课程教研室划出，更名为基础医学院。

学院拥有一支治学严谨、甘于奉献，既有优良传统，又有开拓创新精神的师资队伍。学院现有在岗教职工215人，其中专任教师158人、教辅及管理人员57人;教授40人、副教授43人、讲师71人;教职工中博士66人、硕士112人;学院现有享受国务院政府特殊津贴专家2人，自治区突出贡献专家4人，自治区“新世纪321人才工程”第一、第二层次9人，自治区草原英才创新团队7个，自治区草原英才13人。

基础医学院是学校主要的教育教学基地之一，承担着教育教学、科学研究、学生管理、社会服务、文化传承的主要任务。下设28个科级机构，其中教研室13个、教学和科研实验中心(实验室)12个，另有对外检测服务机构——内蒙古医科大学司法鉴定中心。

基础医学院是学校第一批硕士研究生培养与授权单位，现有医学和理学2个学科门类、基础医学和生物学2个一级学科硕士学位授权点，10个二级学科硕士学位授权点。学院现有自治区级重点学科--病理学与病理生理学、自治区级重点培育学科--人体解剖与组织胚胎学，自治区级一流专业--法医学，国家级虚拟仿真实验教学中心1个;拥有自治区级重点实验室：科学技术厅2个、教育厅2个、卫健委3个;自治区级工程技术研究中心1个、自治区级肿瘤生物治疗协同创新培育中心1个、校级重点实验室2个。自治区实验教学示范中心3个，自治区级科普教育示范基地5个。

学院拥有国家级一流课程2门--生理学 “线下”一流课程、医学微生物学“线上线下混合式”一流课程;自治区级各类一流课程11门、精品在线开放课程1门、精品课程10门、优秀教学团队3个、教学名师4人、教坛新秀4人。近年来，学院主持教改项目国家级2项、自治区级28项;主编、副主编国家各级各类规划教材112部，获得自治区、学校教学成果奖 19项。

基础医学院是学校重要的科学研究基地。已经启用的“内蒙古医科大学医学实验中心”建筑面积约5000㎡，已对全校、各附属医院、临床医学院、教学基地及社会科研工作者、研究生、本科生等开放。

近五年，学院主持科研项目175项，其中国家自然科学基金15项，教育部春晖计划1项;内蒙古自然科学基金52项、科技计划7项、产业技术项目4项、成果转化1项、应用技术项目3项，科研总经费2217.4万元。近五年在国内外学术期刊发表核心论文284篇，其中SCI、EI等收录90余篇;主编学术专著116部;获国家专利36项。

学院现有法医学和生物技术本科专业及少数民族预科班共计303人、硕士研究生149名。少数民族学生涵盖了蒙古、回、满、鄂温克、达斡尔等多个民族。在就业区域上，北京、广州、武汉等多个一线城市均有校友分布，并通过校友带动，形成了良好的就业生态圈。在就业性质上，除升学外，事业单位和司法鉴定中心约占50%。