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昆明医科大学基础医学院是集教学、科研及学生管理为一体的教学单位。学院现设人体解剖学与组织胚胎学、病理学与病理生理学、病原生物学与免疫学、生物化学与分子生物学、细胞生物学与医学遗传学、生理学、药理学、物理数学与计算机共8个系;设基础医学实验教学中心1个，下设形态学、机能学、细胞生物学与分子生物学、病原生物学与免疫学、物理与计算机实验室5个实验室，设有热带医学研究所、神经科学研究所等2个科研机构;设党政综合办公室、教学办公室、等8个管理机构。
学院现有教职工229人，其中教授25人、副教授62人、博士生导师9人、硕士生导师50人，教育部新世纪优秀人才1人、云南省教学名师6人、云南省中青年学术技术带头人4人。
学院将秉承“崇德、精业、团结、奉献”的昆医校训，发扬“精业、乐教、博学、创新”的学院精神，为把学校建成区域高水平医科大学奋进。
