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临床医学系成立于2004年，2006年更名为临床医学院，2013年为了加强后期临床教学工作，实行“院系合一”管理体制，与第二附属医院合并，成立第二临床医学院(临床医学系)。
临床医学系设有临床医学专业(学制五年)本科专业，该专业于2001年获批设置并开始招生;2006年被省政府授予“陕西省普通高等学校名牌专业”;2011年获批“临床医学”一级学科硕士学位授予权，并于次年在内科学、外科学、妇产科学、神经病学、麻醉学、影像医学与核医学、临床检验诊断学等二级学科招收硕士研究生;2014年获批“省级专业综合改革试点”项目;2015年“临床医学人才培养模式创新实验区”获批省级人才培养模式创新实验区。
临床医学专业有内科学、外科学、妇产科学、儿科学、五官科学、神经病学、医技、诊断学、治未病等临床教研室，临床教师312人，高级职称97人，博硕士158人。为临床学生代课的均为高年资具有丰富临床经验的临床带教老师，师资队伍以中级及以上职称居多，职称结构基本合理，专任教师临床经验丰富，师德师风良好。
临床医学专业学制五年，教学实行“2.5+2.5”教学模式(即2.5年通识教育及临床基础教育，2.5年临床专业方向教育及临床实践教育)。现已建立省级精品资源共享课4门，校级精品课程3门，在线开放课程2门，课程思政示范课程2门，课程综合改革课程3门，公共选修课1门，校内立项教材主编4本，省级临床虚拟实验项目1个，获得省级教学成果奖2项，校级教学成果3项;获得陕西省教育厅全省高等教育教学改革研究项目立项资助3个，陕西省教育科学“十二五”规划项目立项资助1个，校级教育教学改革研究项目立项资助2个。本专业非常重视对学生临床实践技能的培养，配备了2000多平米的现代化临床医学模拟中心。除第二附属医院、咸阳市中心医院、咸阳市第一人民医院外，还有宝鸡市中心医院、西电集团医院等15家非直属附属医院及临床教学(实习)医院，为满足学生的临床实践教学需求提供了保障。临床医学本科专业连续19年招生，为社会培养了数千名优秀医学临床、教育、科研及管理人才。本专业生源质量持续良好，历年专业一报考率达200%以上，并于2019年开始一本招生。近两年在陕及全国其它省市录取最低分均超过一本控制线。截至2020年9月，全系在校本科生人数2188，硕士生72人。近五年毕业生就业率一直平均在90%以上，用人单位满意度较高。本科生考研录取率为20%左右，录取院校多为西安交通大学、空军军医大学、四川大学、兰州大学、中国医科大学、首都医科大学、大连医科大学等重点名校;执业医师考试通过率达到全国平均水平。
临床医学专业学生组队参加教育部主办的“全国高等医学院校大学生临床技能竞赛”，连续三年获得佳绩(2014年第五届，分区赛二等奖;2015年第六届，分区赛特等奖、全国总决赛二等奖;2016年第七届，全国总决赛一等奖)。
