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药学系创建于1971年，1996年成立西安医科大学药学院。2000年原西安交通大学、西安医科大学与陕西财经学院三校合并组成新的西安交通大学后，成为西安交通大学药学院。2004年7月学校进行院系调整，成为医学院药学系。现有专职教师及研究人员44人，其中院士1人(兼职教授)，教授9人，副教授9人，博士生导师3人，硕士生导师16人。药学系设有药物分析博士点、药学一级学科硕士点和药物分析、生药学、药剂学、药事管理学硕士点。重点实验室和研究中心主要有：国家中医药管理局中药分析实验室、陕西省天然药物与工程重点实验室、药学教学实验中心、药剂学研究室、药物化学研究室、药物分析研究室、生药学研究室、药事管理学研究室等。另外，药学系为全国医学教育学会药学教育研究会常务理事单位，为陕西省执业药师培训中心西安交通大学培训点，主办有《西北药学杂志》。
研究方向：
药学系根据国家经济需求，跟踪药学领域国际发展方向，积极开展学科前沿基础研究和面向产业的高技术开发研究。主要研究方向有：创新药物与中药现代化的研究。细胞膜色谱基础理论与技术研究，中药方剂物质基础与体内过程分析研究，天然药物物质基础分析研究，蛋白质组学与药物作用靶点的研究，抗肿瘤药物研究，防治心脑血管疾病药物研究，药物新制剂、新技术的研究，药物质量控制新方法的研究，天然药物化学有效成分与活性物质的研究，药物合成工艺与药物构效关系的研究，生药品质评价，药事法规和药事管理研究等。
科学研究：
近几年，承担国家发改委“国家高技术产业化示范工程生物色谱分离技术”项目，国家“863”课题，国家自然科学基金项目，部、省级重大和自然科学基金项目等50余项，累计科研经费1000多万元;获省部级科技进步奖7项，获得和申请国家发明专利10余项，开发创新药物5个，发表学术论文500余篇，其中SCI收录20多篇，出版著作、教材50余部。近五年来，培养博士研究生10余名，硕士研究生100多名。在细胞膜色谱基础理论与技术，手性药物分析，药事法规和药事管理研究等方面处于国家领先水平。
教学工作：
药学系每年招收本科生70余名，硕士和博士研究生30多名。药学专业主要培养具有药学学科基本理论、基本知识和实验技能，能在药品生产、检验、流通、使用、研究与开发领域从事药品鉴定、营销、药物设计、药物制剂、临床合理用药及药品管理等工作的高级药学技术人才。毕业生主要面向各类制药企业、医药公司、各级综合性医院、药品检验机构、医药院校、药学研究机构、药品监督管理等部门工作。
制药工程专业主要培养以化学、基础医学和化学工程学为基础，掌握化学药物和天然药物制备、工程设计和生产基本理论、基本知识、基本操作技能，具有从事医药产品开发、研制、工程设计、工艺研究、生产过程与产品质量控制、质量管理的基本能力，具有较强的创新精神和实践能力的医药高级工程技术人才。毕业生主要在各类化学合成药厂、中药制药厂、药物研究院(所)、医药商业企业及各级药品监督管理部门、高等院校从事医药产品研制、生产、应用、教学、设计、开发、管理和经营等工作。
药学系注重学生创新能力与实际动手能力的培养，造就在药学与制药工程技术领域内具备宽厚的理论基础、综合实验设计能力、医药产品研制开发能力，具有广博专业知识的应用型人才。
教学研究机构：
药学系下设的主要教学和研究机构有：药剂学教研室、药物化学教研室、天然药物化学教研室、药物分析教研室、生药学教研室、药事管理学教研室，药学教学实验中心，国家中医药管理局中药分析实验室，陕西省天然药物与工程重点实验室。
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