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创建于1954年，经历了50多年风雨历程的新疆医科大学第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、康复、预防为一体的省级综合医院，国家卫生部首批认定的“三级甲等”医院，自治区政府评定的“患者满意单位”和自治区级文明单位。医院分为七道湾医院（老院）和南湖医院（新院）两个部分，设置病床1041张，现有临床医技科室47个，临床教研室10个。医院专业齐全，人才梯队合理，拥有主任医师和教授等高级专业技术人员102人，博士研究生导师2人，硕士研究生导师21人，博士、硕士70余人，中级专业技术人员250余人。
医院设有自治区“新疆骨关节及周围神经疾病诊治中心”和“新疆耳聋防治及听力重建中心”。除常规手术外，微创手术和治疗已成体系，微创诊治中心能在腔镜下开展腹部外科、胸外科、妇产科、泌尿外科、耳鼻喉科、骨科、消化科、肛肠等各种手术和治疗。创伤病人的抢救已形成院前急救和入院后多学科、高水平、快捷的急救体系。神经外科显微手术、心血管病的介入治疗、体外碎石、肿瘤的综合治疗达到国内先进水平。神经外科开展颅底肿瘤切除并颅底重建、三叉神经痛、面肌痉挛和视神经疾病的手术治疗、烟雾病等脑血管病的手术治疗，血管外科开展的颈动脉膜剥脱术预防脑血管疾病、髂静脉受压综合症的外科治疗，骨科开展的髂关节骨折中心性脱位的手术治疗、关节疾病的关节镜下手术治疗，胸外科开展的上腔静脉置换术、肺动脉泵永久性植入治疗中晚期肺癌，胸腔镜下开展的肺气肿减容术等达到国内先进水平。肺迷走神经离断治疗哮喘达国内领先水平。心血管内科、呼吸科、消化科、内分泌科、神经内科、老年病科、儿科设备齐全，技术力量雄厚，具有强劲的发展势头。口腔科、耳鼻咽喉科、眼科长期以来，一直是自治区有影响的专业学科，并配备有国内一流的诊断治疗设备，能为广大患者提供优质的服务。
医院拥有菲利蒲1.5T双梯度核磁共振诊断仪（MRI）、16层螺旋CT、双板数字化拍片系统（DR）、西门子1000毫安数字减影血管造影系统（DSA）；GE数字胃肠X光机、高档腹部、心脏专用彩色多普勒超声诊断仪、OLYMAUS2700全自动生化分析仪、美国强生VP50干式生化仪等一流检查设备。拥有各种微创外科专用腔镜和手术显微镜和先进心脏手术设备及一流的净化手术室。全院施行信息化管理。
