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新疆医科大学儿科学院前身是建于1956年的新疆医科大学儿科学教研室，1986年成为硕士生学位点， 2009年开始招收博士生，2010年4月成立临床医学院儿科学系，2011年成为博士一级学科(含盖)学位点， 2016年4月在原临床医学院儿科学系的基础上正式挂牌成立“新疆医科大学儿科学院”，是新疆唯一一所招收本科儿科学专业学院及新疆唯一的儿科博士生培养单位，也是硕士生培养重点单位和新疆儿科高层人才的摇篮。
学院现有教师队伍共计78人，其中教授5人,副教授12人,讲师21人;博士研究生学历8人，硕士研究生学历55人;博士研究生导师5人，硕士研究生导师20人。学院目前承接专业有：临床医学专业五年制、临床医学专业“5+3”一体化、麻醉医学、影像医学、预防医学、检验医学、口腔医学、药学、留学生等专业的儿科学课程;学院2016年起开始招收临床医学“5+3”一体化(儿科学方向)专业学生，2018年9月开始儿科学本科(五年制)专业招生。
儿科学院近3年分别被评为新疆维吾尔自治区级临床重点专科、新疆医科大学支撑学科和新疆医科大学校级优秀团队、新疆医科大学校级精品资源共享课、新疆医科大学视频公开课、新疆医科大学校级优秀教学成果奖;新疆唯一全国住院医师规范化培训示范基地，中国医师协会在新疆指定的唯一儿科医师骨干师资规范化培训基地;中华医学会新疆儿科分会主委单位;学院近三年承担国家自然科学基金2项，自治区自然科学基金6项，参与国家多中心临床研究13项。发表SCI论文6篇，中华系列期刊论文18篇，出版教材7部，教改课题10项。
新疆医科大学儿科学院医、教、研工作依托新疆医科大学第一附属医院儿科中心运行。作为新疆维吾尔自治区最大的儿科疑难病症诊断治疗中心，其血液专业为全疆首家儿童药物临床试验机构(GCP)基地。儿科中心被卫生部授权为“世界糖尿病基金会—中国儿童糖尿病管理项目中心”，被中国出生缺陷干预救助基金会授权为“中国儿童青少年肥胖糖尿病联盟理事单位”等，在复旦大学西北区医院专科声誉排行榜中，小儿内科专业2015年排名第二，2016年排名第三;小儿外科专业2015年，2016年排名西北第六，提升了儿科教学在本科教学中的知名度。
学院一直助力国家“一带一路”倡议，围绕周边国家重大疾病进行学科建设及人才培养。作为中国红十字会(新疆)医疗救援队，儿科中心在“中国红十字会‘天使之旅-一带一路’大病患儿人道救助计划”项目上发挥了重要的作用，目前已免费救助79名先心患儿，以“零死亡率”的医疗奇迹，收到了良好的社会效益及国际影响。
儿科几代人秉承以“一切为了孩子”为宗旨，以培养高素质儿科人才为己任，造就出了一批知名的儿科医学专家和儿科学教育专家。学院不断加强与国内外知名高校的交流合作，近年来，通过外出进修学习、科研项目协作等方式，选派多名师资前往国内外进修学习，将先进教学及管理理念引入学院日常教学和管理工作中，为全疆的儿科人才发展培养了诸多中坚力量，为新疆丝绸之路经济带核心区建设做出应有的贡献。
