1996年10月11日，经国家教委批准，在厦门市委市政府、厦门大学的共同努力和海外华人华侨的支持下，医学院宣告成立并成立董事会(2015年调整为共建领导小组)，走出了一条市校共建的特色办学之路。医学院结束了闽西南没有高等医学教育的历史，使厦门大学拥有了更完整的学科体系。25年来，厦门大学医学院秉承“自强不息，止于至善”的校训，坚持“立德树人、厚德尚能”的教育理念，以“育医学之英才，除人类之病痛，助健康之完美”为办学宗旨，通过整合办学资源，促进学科交叉，培养了一批批医学基础厚、临床技能实、人文素养深、创新能力强的高水平医学人才。医学院设有基础医学部、中医学系、护理学系、眼视光学系、口腔医学系和一批临床专业科系，拥有国家级临床教学培训示范中心、国家级医学虚拟仿真实验教学中心、国家级大学生校外实践教育基地、厦门大学健康医疗大数据国家研究院等国家级教学与科研平台。

学院坚持以培养医学精英人才为目标，大力推行教学改革，创新人才培养模式，全面推行素质教育，学生综合素质和创新能力不断提升。学院现有临床医学、中医学、护理学、口腔医学、基础医学、MBBS(临床医学)等6个本科专业，1个一级学科博士学位授权点(临床医学)、3个一级学科硕士学位授权点(临床医学、基础医学、中医学)、1个专业学位硕士授权点(临床医学)、健康大数据与智能医学交叉学科，以及6个国家人事部博士后科研工作站。2012年，“拔尖创新医学人才培养模式改革试点”和“五年制临床医学人才培养模式改革试点”项目获批全国首批“卓越医生教育培养计划”试点立项。2019年，获批临床医学一级学科博士学位授权点和临床医学博士后科研流动站，临床医学专业通过教育部临床医学专业认证委员会认证。

截至2021年12月31日，全日制在校生2656人，本科生1411人(其中MBBS留学生307人)、硕士生925人、博士生320人。在籍中医专业海外函授生约50人。2021级新生共642名，其中本科生224名(含MBBS留学生18名)，硕士研究生323名，博士研究生95人。2021届毕业生共480人，其中本科生207人(含MBBS留学生7名)、硕士生242人、博士生31人。51名本科准毕业生获得“推免”资格。毕业生总体就业率90.79%，其中本科生就业率82.74%，硕士生就业率96.51%，博士生就业率95.65%。

学院着力提升学科的核心竞争力，优化学科平台和科研创新团队，科研能力和水平显著提高，取得日益丰硕的科研成果。2021年，共获得各类科研项目立项资助153项，合同经费10378万元。其中，国家自然科学基金立项55项，已连续十年位列学校前列，资助经费4163万元。张云武教授、曹彬教授获批重点项目，许华曦教授获批重大研究计划项目，张云武教授和王鑫教授获批联合基金重点支持项目，邓文波、洪雪辉获批国家优青项目。此外，科技部重点研发计划方面，王海滨教授作为课题负责人获批资助经费890万，王鑫教授作为课题负责人获批资助经费800万，另外还有2项合作项目，共计获批科技部项目立项经费2000余万元。2021年，学院到账科研经费6531.42万元，其中纵向经费到账4919.54万元，横向经费到账1556.88万元。2021年，厦门大学医学院(含附属医院)发表SCI论文520余篇，包括Nature Communications、 Science Advances、Cancer Research、Clinical & Translational Immunology、Cell Death and Differentiation、National Science Review、Journal Of The American Chemical Society 等国际知名杂志在内的影响因子10分以上论文13篇。临床医学ESI排名自2017年起保持在全球前0.5%。

学院坚持人才强院战略，引培并重，打造了一支专业一流、特色突出的师资队伍。2021年新入职教职工11人，其中教师5人(副教授1人，助理教授4人)，行政管理人员1人，科研助理2人，辅导员2人。截至2021年12月31日，学院有教职工268人，其中专任教师120人。专任教师队伍中，教授50人，副教授44人，助理教授26人，具有博士学位111人，具有海外一年以上留学经历78人。全年两批次共31位老师入选福建省高层次人才ABC项目，其中现有人才A类4人、引进人才A类1人;现有人才B类人才8人，引进人才B类1人;现有C类人才17人;9人入选厦门市高层次及骨干人才。此外，学院还聘有附属医院临床教师619人。医学院现有在站博士后33名(含联合招收17名)，2021年共招收14名博士后进站(含联合招收8名)，共有3名博士后申获国家自然科学基金青年科学基金项目，1名博士后申获博士后科学基金特别资助(站前)，3名博士后申获博士后科学基金面上资助(二等)。

学院坚持国际化办学理念，积极推进与境内外知名大学开展实质性、深层次的紧密合作，拓展对外交流和国际化人才培养的渠道。学院已与美国、英国、瑞典、新加坡等国家，以及香港、台湾地区的知名高校和科研院所签署了系列人才培养与科研合作交流协议。越来越多的医学院学生前往境外高水平大学和科研院所攻读博士学位或者交流访学。同时，越来越多的外国留学生走进厦门大学医学院的课堂。2021年共录取MBBS项目留学生18人。截至2021年12月31日，医学院MBBS共有在籍留学生311名，约占全校全日制学历留学生的四分之一。中医系是我国开展海外中医教育的先行者，在海外有深远的影响。从1956年开始，累计已为东南亚、台港澳、欧美等国家和地区培养了2.2万名中医人才。2021年，马来西亚分校中医学专业招收63名本科生，现共有学生351名，中医系选派15名教师给马来西亚分校线上授课。

附属医院的建设是办好高等医学教育的关键和保证。25年来，医学院敢为人先，先行先试，开拓附属医院建设的新路径，以厦门为中心，辐射福州、漳州，拥有了附属中山医院、附属厦门眼科中心、附属东南医院、附属东方医院、附属第一医院、附属成功医院、附属福州第二医院、附属心血管病医院、附属妇女儿童医院、附属翔安医院等10家附属医院。