2002年4月，中南大学根据学科门类的特点，按照资源共享、调整合并的原则，将原湖南医科大学药学系、基础与临床药理研究所以及湘雅附属第一、第二、第三临床学院的药剂学学科联合组建中南大学药学院。2016年11月，更名为中南大学湘雅药学院。

湘雅医院药剂学学科最早创立于1907年，湘雅第二、第三临床学院药剂学学科相继创立于1958年和1992年;基础与临床药理研究所是在1945年创立的国立湘雅医学院药理学教研室的基础上逐步建立起来的，1954年即取得硕士生培养资格，1981年获得博士学位授予权;湖南医科大学1985年即招收了首届药学本科班学生，开始探索药学高层次人才的培养模式，在此基础上，1996年组建湖南医科大学药学系，1997年开始面向全国招收4年制药学本科专业学生，2019年开始招收临床药学专业本科生。

药学院始终以培养高级药学人才、服务区域经济和为人民健康事业服务为出发点，开展各项教学科研活动。目前已经形成了药物化学、药剂学、药理学、天然药物学、药物分析学及临床药学等多个学科群方向。 2001年药理学科成为国家重点学科，2004年“药理学”成为国家精品课程;2001-2004年，药物化学、药剂学、药物分析学和生药学等学科相继获得硕士学位授予权;2003年药学被国家人事部批准为博士后科研流动站;2005年药学专业被评为湖南省重点专业，2009年被评为特色专业;2010年药学一级学科成为湖南省“十二五”重点学科，并取得药学一级学科硕士、博士学位授予权，2011年获生物与医药领域工程博士点授权。2018年，药学学科入选湖南省国内一流建设学科。2011年药理学与毒物学学科首次进入ESI世界前1%，2021年排名升至前79.96%。在2011年中国大学本科教育分专业竞争力排行榜中，药学学科排名进入了第5位。2016年，药理学与毒理学入围美国新闻与世界报道《US News世界大学学科排名》， 排名159。2017年，药学与药理学首次入围英国QS全球教育集团发布的最新《QS世界大学学科排名》(第七版)，排名150-200位;药学与制药科学入围世界大学学术排名ARWU 。2019 年12月，中南大学药学学科进入国家级一流本科专业建设点名单(高教厅函【2019】46号)。

湘雅药学院现有在职教职工64人。其中专任教师43人;专任教师中有教授19人、副教授16人;有教育部新世纪人才2人;湖南省杰出青年4人、优秀人才1人“湖南省普通高校学科带头人” 培养对象3人，“湖湘人才支持计划”4人;湖南省青年骨干教师1人、湖湘高层次人才聚集工程2 人、湖湘青年英才5人、湖南省科技创新领军人才2人、湖南省青年科技创新人才1人。

湘雅药学院除1997-1998年招收本科学生30人外，此后每年招收药学专业本科学生60人左右，2012年扩大到90人;2019年开始招收临床药学专业五年制本科生30人。研究生招生规模逐年增长，2009年起，每年招收研究生在80人以上。药学与临床药学专业现有在读本科生265 人(包括药学专业231人，临床药学专业34人)，研究生326人(包括全日制学术性硕士和同等学力硕士217人，工程硕士12人，全日制博士82人，工程博士15人)。在站博士后9人(其中企业博士后4人，外籍博士后1人)。

近年来，学院围绕落实立德树人根本任务，按照具有“实干担当精神、社会精英素养、行业领军能力、国际开放视野”的人才培养目标，不断强化“价值塑造、知识传授、能力培养、智慧启迪”的人才培养理念，培养了一大批德智体美劳全面发展的高素质药学人才。2016年以来在校生获国家级大创项目120项、省级项目115项，在全国“互联网+”、“挑战杯”、全国大学生英语竞赛等学科竞赛中，获国际奖2项、国家级奖35余项、省级奖63项;在校学生申请专利共92项， 授权专利31项，4项专利技术实现转让。培养的研究生中，获得全国优秀博士学位论文奖2人， 全国优秀博士学位论文提名奖5人，湖南省优秀博士学位论文奖13人，湖南省优秀硕士学位论文奖30余人。本科生读研升学率在50%左右，每年有3-4人直接考入国外名校攻读研究生学位。近五年来，学院获得省部级教学平台与大学生创新创业教育基地(中心)3个，建立校外实践教育等人才培养基地9个。经过十余年的建设和发展，学院已经形成了具有全日制本科教育、研究生教育、博士后培养、工程硕士培养、工程博士培养等较为完整的教学体系。与湖南汉森医药有限公司联合建有湖南省产学研示范基地，与湖南慧泽生物医药科技有限公司、长沙晶易医药科技有限公司和株洲贾岭药博园有限公司等企业建立了教学实习挂靠学院的科研机构有心血管研究湖南省重点实验室、慢病诊疗小分子药物发现与转化湖南省重点实验室(2020年批准)、中南大学药物研究所;学院建立了药物分子设计与研究中心;与有关单位协建了中南大学分子影像研究中心、湖南省药物制剂与早期临床评价技术研究中心;与企业联合建有湖南省手性药物研究工程中心，湖南省药用辅料工程技术研究中心、湖南省中药提取物工程中心、广州威尔曼联合实验室、湖南达嘉维康联合实验室和浙江海正联合实验室等;初步搭建起了天然药物研发平台、分子设计与药物发现平台、药物合成研究平台、分子探针研究平台、应用药理学研究平台、药物动力学研究平台和药物新制剂研究平台等。已经形成了药物化学、药剂学、天然药物学、药物分析学及临床药学等多个学科方向，涵盖从药物研发到使用的各个环节，并相互支撑形成了强大的学科群优势。与企业合作完成了共计200余个品种的新药研制报批工作;多个有开发前景的I类或其他新药正在研发之中。

2010年以来，先后获得包括973、863、十二五攻关、重大新药创制、国家自然科学基金(重大研究计划、优秀青年基金等项目)、教育部新世纪人才支持计划等各类国家基金71项; 入校各类科研经费超亿元;申请或授权各类型专利166项;发表SCI、EI等论文660余篇(第一单位、第一作者/通讯作者)。2017年6月，我院药剂学学科团队刘珏文、周文虎教授在国际顶级学术期刊《Chemical Reviews》(2016年影响因子47.928)在线发表了综述文章“Metal Sensing by DNA”，这是我院科教人员发表的最高影响因子论文。胡高云教授等主持的“抗肝纤维化药物氟非尼酮”成功转让海南制药，并于2018年11月进入I期临床试验;2019年，另一个中南大学具有自主知识产权的创新药物美氟尼酮获得临床试验许可;2021年，科技成果转化3 项，合计超3000万元。牵头的项目签约河南省“揭榜挂帅”项目(1000万)。主编或参编各类教材、专著50部;获Thiemem Chemistry Journal Award国际学术奖1项，教育部提名国家科学技技术二等奖2项，获中华医学科技二等奖、三等奖各1项、中国专利优秀奖1项;获得湖南省医药科技成果一等奖1项;湖南省自然科学成果二等奖4项、三等奖1项;湖南省技术发明奖一等奖一项(排名第三);湖南省科学技术进步三等奖1项(排名2)等。

对接“一带一路”，扩大国际视野，加强国际合作与交流，学院已经与加拿大女皇大学、澳大利亚蒙纳士大学、匹兹堡大学、东田纳西大学、香港浸会大学、澳门大学、乌兹别克斯坦制药研究院等国外大学和研究机构开展教学、科研合作。

学院将始终瞄准生物医药的前沿领域，面向国内医药工业的主战场，进一步加强同国内外科研机构、医药工业企业的交流与合作，坚持科学研究与社会服务同步发展的办院方针;积极创造条件与国际高等药学教育接轨;全面开放，走产、学、研相结合的专业建设道路，努力将中南大学药学院建设成国内领先、国际有较大影响的高层次药学专业人才的培养基地基地。2019年，我院申报的“中南大学药学学科(群)大学生创新创业教育中心”获批湖南省普通高校创新创业教育中心(湘教通〔2019〕333号)。2020年，中南大学与鲁南制药集团有限公司签署全面战略合作框架协议，学院将与鲁南制药集团在人才培养、学科建设、学术交流、临床研究等方面开展深度合作。2021年，我院牵头申报的湖南省高校校企合作创新创业教育基地获省教育厅等厅委批准。

学院现任党委领导：书记龚涛、副书记王昊;委员：刘昭前、曾文彬、胡长平、李乾斌、程泽能、彭军。

学院现任行政领导：副院长刘昭前(主持行政工作)、曾文彬、胡长平、李乾斌。