福建医科大学附属协和医院为创建于1860年的福州圣教医院与创建于1877年的福州马高爱医院合并而成，为八闽现代医学的发祥地。医院综合实力雄厚，在国家卫健委公布的三级公立医院绩效考核中，位居三级综合医院第30名，跻身“亚洲华人地区最佳医院百强”“中国·东盟最佳医院百强”“全国医院综合实力百强榜”“中国医院科技影响力百强榜”“中国医院竞争力·顶级医院百强榜”，为福建省高水平医院、国家首批疑难病症诊治能力提升工程建设项目单位。还是国家卫健委第二批委省共建国家区域医疗中心建设牵头单位及国家心血管病区域医疗中心联合牵头单位。拥有6个国家临床重点专科、4个福建省医学中心、12个福建省临床重点专科、1个福建省中医重点专科和8个福建医科大学首批重点学科。

1995年成立“福建医科大学协和临床学系”，2000年更名为“福建医科大学协和临床医学院”。学院师资力量雄厚，现有51个教研室(组)，兼职教师1027人，其中正、副高职称(含教授、副教授)近500人，博、硕士学位的医师占医师总数的80%，拥有国家级、省部级、享受政府特殊津贴专家等高层次人才百余名。2018年入选首批国家临床教学培训示范中心，是我省唯一入选的省属医疗机构。

福建省最早的临床医学博士、硕士点发端于我院， 1986年和1990年分别获得硕士和博士学位授权并开始招收研究生。目前拥有博士学位授予权一级学科5个,博士专业学位授予权学科2个;硕士学位授予权一级学科7个，硕士专业学位授予权学科4个。招生类型涵盖学术型博士和硕士、专业学位型博士和硕士、“5+3一体化”学生、同等学力人员、港澳台研究生和来华留学生。学院至今已培养博士研究生499名，硕士研究生3240名，其中来华留学博士6名，来华留学硕士22名。

目前拥有博、硕士研究生导师298名，其中博士研究生导师72名。2001年设立临床医学博士后科研流动站，2018年获批国家级博士后科研工作站，至今已有19位博士后进站工作。学院拥有4个研究生教育创新基地，是福建省临床医学专业学位研究生教学案例库和专业学位研究生联合培养示范基地建设单位。

医院重视研究生的培养，给予博、硕士研究生优厚的生活补助。加强研究生学术交流，建立协和瑞格斯国际交流学习奖学金，以20万元/生的标准资助优秀研究生赴国外交流学习。与北京大学、复旦大学、中国医学科学院医学实验动物研究所、香港大学、美国哈佛大学医学院、美国希望之城癌症医学研究中心等国内外高校和研究机构建立合作关系，通过重点专科人才培养专项经费、国家建设高水平大学公派研究生项目、研究生学术交流基金等项目多渠道积极资助研究生参加国内外访学和学术会议，近5年国内外访学研究生共计64人次。

学院研究生毕业论文获奖数居全校首位，自2000年开始评选省级优秀研究生论文至今，已有34位博士和15位硕士被评为福建省研究生优秀学位论文，其中1人获全国优秀博士论文提名。

福建省血液病、内分泌、肝胆外科、胸心外科等11个省级研究所及其他11个校级研究机构挂靠我院。医院重视技术创新和科研实力的提升，科技投入及产出、质量均居全省首位，承担国家“863”、“973”、国家自然科学基金、卫生部、教育部、省教育厅、科技厅等大量科研课题，先后获得3项国家科技进步奖、国家自然科学奖，447项省、部级等科研成果奖，获得专利36项，近五年发表SCI论文1800多篇。重视国内外的学术交流，与美国、澳大利亚等国家的高校和科研院所建立密切的合作关系。

医院1993年被列入福建省首批临床住院医师规范化培训试点基地，2001年被认定为福建省临床住院医师规范化培训基地，2014年共有31个专业被认定为首批国家住院医师规范化培训专业基地。2017年起，心血管病学、普通外科学、老年医学和小儿麻醉学先后被认定为专科医师规范化培训基地。目前我院共有21个住培专业基地、4个专培试点专业基地。2010年以来共招收住培学员2202人。

2013、2014、2015和2017年学院代表福建医科大学先后荣获第四届全国高等医学院校临床技能竞赛华东区比赛一等奖、全国临床技能竞赛三等奖，第五届全国高等医学院校临床技能竞赛华东区比赛一等奖及两个单项奖、全国临床技能竞赛二等奖，第六届全国高等医学院校临床技能竞赛华东区比赛一等奖及五个单项奖、全国临床技能竞赛三等奖，第八届全国高等医学院校临床技能竞赛华东区比赛一等奖及两个单项奖、全国临床技能竞赛二等奖。2017、2018年，学院海外生团队先后在首届和第二届全国来华留学生临床思维与临床技能竞赛中获优异团体奖、最佳团队合作奖、妇产科技能单项优秀奖和优异团体奖、内科技能单项优秀奖和最佳风貌奖。2015年-2020年，我院相继获得中国医师协会住院医师规范化培训“十佳住培管理工作者”、“优秀专业基地主任”、“住院医师心中好老师”、“十佳住院医师”、“十佳优秀论文”等荣誉称号。2020年妇产科、麻醉科被认定为住院医师规范化培训重点专业基地，2021年内科、康复医学科被认定为住院医师规范化培训重点专业基地。2021年超声医学科学员代表福建省参加全国住院医师规范化培训超声医学专业住培生诊断能力训练竞赛获团体二等奖。