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基础医学院前身可追溯至原江西省立医学专科学校于1934年设立的教务处基本系，历经80余年的风雨历程，目前已发展成为江西省内规模最大的基础医学人才培养与科学研究基地。学院现设5个系(结构与发育生物学系、病理与法医学系、病原生物学与免疫学系、生理与神经生物学系、细胞与分子生物学系)、11个教研室(人体解剖学、组织胚胎学、生理学、医学遗传学与细胞生物学、生物化学与分子生物学、人体寄生虫学、医学微生物学、医学免疫学、病理学、病理生理学、法医学)、1个基础医学实验教学中心。学院现有教职工169名，其中专职教师117名：教授31名(二级教授6名)，副教授58名;博士学位63名、硕士学历36名;博士生导师31人、硕士生导师49人;国家杰出青年科学基金获得者1名、国家“百千万人才工程”入选者2名、新世纪百千万人才工程省级人选9名、江西省“赣鄱英才555工程”特聘教授11名、江西省主要学科带头人9名、江西省青年科学家培养对象11名、南昌大学“215人才项目”特聘教授6名、南昌大学“215人才项目”赣江青年学者23名。
2016年以来，学院共获批国家自然科学基金项目79项，其中重点项目1项，面上项目12项，经费总计达近4000万元;学院近五年来共发表SCI收录论文500余篇，其中SCI一区论文32篇，SCI二区论文150余篇;学院教师共获江西省“三大奖”9项，科研成果稳居医学部下设各学院之首。
学院现有一级学科博士点1个(基础医学)、一级学科硕士点2个(基础医学、生物学)。学院于2017年开始招收基础医学本科专业(五年制)学生，学院为每名本科学生安排了一名本科生导师进行“一对一”指导，实行精英化培养。
学院生理学、人体解剖与组织胚胎学为江西省“十一五”重点学科，基础医学为江西省高校“十二五”重点学科，现拥有“基础医学省高校重点实验室”、“江西省自主神经功能与疾病重点实验室”、“江西省生殖生理与病理重点实验室”、“江西省肿瘤病原学和分子病理学重点实验室”4个省级重点实验室，还拥有南昌大学生物医学研究院、南昌大学基础医学研究所、南昌大学司法医学鉴定研究所等省级科研与社会服务平台。
学院今后将紧跟学校与医学部综合改革和双一流建设步伐，全面深化改革，不断提升教学、科研与社会服务能力，以实际行动来为国家及江西省医疗卫生事业的发展做出新的贡献.
