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第一临床医学院起源于1934年创建的江苏省立医政学院(南京医科大学前身)医科,后改称医疗系，1994年在原南京医学院临床医学系基础上正式组建命名。
学院设在南京医科大学第一附属医院(江苏省人民医院)，与医院实行一体化管理，下设8个学系、51个教研室。有临床医学和医学技术2个一级学科博士学位授权点，其中临床医学涵盖29个二、三级临床学科，设有临床医学博士后科研流动站。目前学院拥有国家重点学科1个(心血管病学)，江苏高校优势学科1个(临床医学);国家重点临床专科18个;有国家重点实验室1个(生殖医学重点实验室(临床中心))，中国医学科学院重点实验室1个(活体肝脏移植重点实验室)，江苏省临床医学研究中心5个，江苏省“科教强卫工程”临床医学中心2个、临床医学中心建设单位2个以及医学重点学科12个。临床医学学科进入ESI全球排名前1‰。
学院拥有临床教师1847人，其中专任教师1243人。现有教授154人、副教授316人，博士生导师141人、硕士生导师328人。有中国工程院院士1人，美国医学科学院国际院士1人，拥有各类国家重点人才项目专家13人;获教育部首批“全国高校黄大年式教师团队1个”，省“创新创业”团队4个，省“科教强卫工程”创新团队12个，各类省级人才218人次。有中华医学会等专科分会常务委员及以上15人，江苏省医学会各专科分会主委、副主委74人。有国际外科学院执行委员会委员1人，听力国际副主席1人。
目前在院本科生2687名;全日制硕士研究生1440名(含留学生48名)、全日制博士研究生359名(含留学生17名)、在职医师攻读博士专业学位研究生501名。学院开设临床医学和医学检验技术两个专业，临床医学先后被遴选为国家特色专业建设点、省高等学校临床医学类重点专业、江苏高校品牌专业建设项目，2019年获批国家级高校一流本科专业立项;医学检验是江苏省特色专业，2020年获批国家级高校一流本科专业立项。
学院、医院是国家级大学生校外实践教育基地，有国家临床教学培训示范中心1个、省实验教学示范中心4个，省级精品课程(教材)5门，“十三五”期间获省部级重点(规划)教材立项5部。在全国高等医学院校大学生临床技能竞赛中屡获佳绩，毕业生就业率96%以上、执业医师考试一次性通过率在全国居于前列。(截至2021年10月)
