南京中医药大学第一临床医学院是以中医临床学科为主体的集教学、科研和临床医疗为一体的教学单位。

学院原名南京中医学院中医系，成立于1958年。1984年由原中医系中医临床教研室和原西基部西医临床教研室重组成新的中医系，1995年更名为南京中医药大学第一临床医学院，2001年将原中医研究院急难症研究室并入，又称为临床医学研究所，2011年4月起与南京中医药大学附属医院(江苏省中医院)融合，实施医教研一体化管理。

学院设有中医内科学教研室、中医外科学教研室、中医妇科学教研室、中医儿科学教研室、中医骨伤科学教研室、中医眼科学教研室、中医耳鼻喉科学教研室、内科学教研室、外科学教研室、诊断学教研室、医学影像学教研室、眼视光学教研室、全科医学教研室、教学实验中心、临床医学实验研究中心、中医内科学研究所、中医儿科学研究所、中医骨伤科学研究所、中医药抗肿瘤研究所、中医急难症研究所(内科难治病瘀热病机重点研究室、周仲瑛名医工作室)、名医验方研究中心、临床教学研究室等。

学院师资力量雄厚，队伍结构合理，现有教授、研究员70人，副教授、副研究员78人。国医大师4名，国家教学名师1名，江苏省特聘教授1名，省级教学名师1名。博士生导师77人，硕士生导师189名。有中医内科学、中医外科学、中医妇科学、中医儿科学、中医骨伤科学、中医五官科学和中西医结合临床硕博士学位点，2010年新增全科医学硕士学位点，有中医学和中西医结合博士后科研流动站。博士、硕士点覆盖所有中医临床二级学科。学院现有中医学五年制、中医学八年制、中医学九年制、眼视光学等专业。中医学专业为国家特色专业和江苏省品牌专业，教学实验中心是国家和省级教学实验示范中心，中医儿科学和中医内科学为国家优秀教学团队，《中医儿科学》和《中医内科学》课程为国家精品课程。2015年以优异成绩通过教育部中医学专业论证和本科教学审核评估。

学院重视重点学科建设，有中医学(一级学科)、中医内科学、中医外科学、中医妇科学、中医儿科学、中医眼科学、中医全科医学、中医骨伤科学等各级重点学科。其中国家级重点学科1个，国家重点(培育)学科2个，江苏高校优势学科2个，江苏省重点学科4个，国家中医药管理局重点学科14个，江苏省中医药局重点学科1个，校级重点学科2个。国家重点学科中医儿科学在全国处于领先水平，中医内科学、中医妇科学、中医外科学、中医骨伤科学处于全国中医院校同类学科的前列。学院有江苏高校协同创新中心1个、江苏省工程实验室3个、江苏省高校重点实验室1个、校，江苏省高等学校优秀科技创新团队1个。

第一临床医学院将按“有所为，有所不为”的建设发展方针，凝炼方向，突出重点，优化结构，培育特色，重在创新。确立以育人为中心，教学、科研为主体的工作总目标，保证学院各项事业和谐、健康、可持续发展。进一步加强师资队伍建设，建立一支数量相当、结构合理、素质优良、相对稳定的教师队伍;围绕培养优质的能够适应市场需求的中医药高级人才，加强专业、教材建设，优化课程设置，改进教学方法，强化实验室及教学辅助设施建设;以重点学科建设为笼头，加强科学研究，提升学院的整体竞争力，促进医、教、研三位一体的协同发展。