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清华大学医学院成立于2001年10月，著名医学科学家、两院院士吴阶平先生担任首任院长，生物物理学家赵南明教授、结构生物学家施一公院士、神经科学家鲁白教授、免疫学家董晨教授先后担任常务副院长。2016年9月至2020年8月，董晨教授担任医学院院长。2020年12月，祁海教授担任医学院院长。
清华大学医学院致力于培养既掌握临床技能又具备科研能力，能在医学领域从事研究、医疗服务、教学管理、技术创新的医学科学家、高级临床医生、医学教育工作者和大健康产业技术创新人才。
经过近20年的发展，清华医学院在多个学科拥有卓越的研究成果和大量正在进行的前沿工作，已经形成了引领新方向的国际影响力，具有广阔的产业转化前景。2020年3月2日习近平总书记来医学院考察科研抗疫工作，肯定了病毒核酸检测和抗体疫苗研发工作。
医学院目前有基础医学系、生物医学工程系、临床医学院。涵盖了免疫学、肿瘤生物学、微生物与传染病学、神经科学、分子与生物学、医学影像学、神经工程、微纳与组织工程、临床医学九大学科，其中免疫学、微生物与传染病学、神经科学、分子与生物学四个学科ESI全球排名前1%,已逐步摆脱跟踪追随的科学模式,建立了引领新方向的国际影响力。
