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明代以前，在《难经三十九难》“命门与肾相连”的影响下，命门的功能一般被纳入“肾气”的概念，认为命门的功能与肾相似。直到明代，命门学说才得到进一步发展。在前面讨论的基础上，我们对命门的功能有如下理解。

1.命门属于原气，是人类生命活动的动力：“命门属于精神，原气也属于精神”(《难经八难》)。

2.生命之门隐藏着精神，与生殖功能密切相关：“生命之门也是精神之所；男人藏精，女人绑细胞”(《难经三十九难》)。说明命门是人体藏精的地方，男人储精，女人接触子宫。命门有储存精气的功能，其实是肾主生殖功能的一部分。陈修园明确指出：“任何称之为“门”的人都指出了入口的位置。在未出生的身体形态之初，父母相见，男人从这扇门出来，而女人则是被这个主人和胎儿确立后，从这扇门诞生。所以除了八门，即飞门、虎门、吸门、贲门、幽门、冉门、灵门等七个冲门(再加上溺水的空门)，叫命门(《医学实在易》)。认为生门为女，精门为男。

3.命门是水火之家，包括肾阴肾阳的功能：“命门是元气之根，水火之家。五脏之阴不在则不养，五脏之阳不在则不发达”(《景岳全书传忠录命门余义》)。“生命之门的火叫生命力，生命之门的水叫景源”(《类经附翼求正录》)。由此可见，张景岳认为命门的功能包括肾阴和肾阳。

4.命门真火是人体正气之根：“命门先天之火也.了解生命之门，神有主人。若事可虑：肝得其命门而定，胃得其命门而收，脾得其命门而转，肺得其命门而治其关节，大肠得其命门而行，小肠得其命门而传，肾得其命门而强，三焦得其命门而拒渎，膀胱得其命门而收。”(在这种观点中，生命之门的作用被称为生命之门的真火，或生命之火，即肾阳，肾阳是脏腑功能活动的基础。因此，周进一步强调：“人体的真阳和肾的元阳是自我，而不是别的东西”(《石室秘录》)。

纵观历代，医生都了解生命之门：在形式上，有有形与无形之争；位置上，右肾和两肾是有区别的；功能方面，有主火和不火之争。但我们对命门的主要生理功能以及命门的生理功能与肾脏的密切关系有着相同的认识。我们认为肾阳即命门之火，肾阴即张景岳所谓的“命门之水”。肾阴，即真阴和袁茵；肾阳，即真阳和元阳。古人说“命门”，只强调阴阳在肾中的重要性。

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