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浙江中医药大学第二临床医学院前身是筹建于2000年4月的浙江中医学院医学系，2006年5月，医学系更名为第二临床医学院，与附属第二医院(浙江省新华医院)实行“院院合一”管理模式。学院承担中医学、中西医结合2个博士点，临床医学、中医学、中西医结合等3个一级硕士点，26个二级硕士点及临床医学本科的教学管理工作。学院拥有研究生导师530余名，其中博士生导师36名，建有中医学、中西医结合博士后流动站2个,“校院”两级及“学校-医学院-培养基地”三层次完整培养教育体系。临床医学专业为国家级一流本科专业，在全国中医院校中率先通过为期五年专业认证，学科涵盖内科学、外科学、肿瘤学、影像医学与核医学、临床检验诊断学等二级学科，学科拥有浙江省“151人才工程”培养对象、全国抗击新冠肺炎疫情先进个人等一批优秀师资，近五年承担多项国家重点研发计划、国家基金重点项目等国家级项目，为研究生培养提供了优质资源。中医学涵盖了中医内科学、中医骨伤学等二级学科，研究方向涵盖中医药防治肿瘤疾病、心血管疾病、胃肠道疾病、风湿免疫疾病等疾病的研究。多个学科被评为浙江省中医药管理局重点学科、浙江省“重中之重学科”、国家中医药管理局“十一五”重点专科、卫生部国家临床重点专科，先后承担国家“973”项目、国家自然科学基金项目、国家“十一•五” 和“十二•五”科技支撑项目、国家中医药管理局课题等、荣获国家科技进步奖二等1项、国家教学成果奖二等奖1项、各类省部级成果奖9项。
目前学院的研究生培养基地包括省内外20余家综合性医院：浙江中医药大学附属第二医院、浙江省人民医院、浙江省肿瘤医院、浙江医院、浙江省立同德医院、杭州市红十字会医院、萧山第一人民医院、丽水中心医院、中国科学院大学宁波华美医院等各地的人民医院和中西医结合医院。直属医院浙江中医药大学附属第二医院拥有全国973首席科学家1名，全国名中医1名，浙江省国医名师2名，浙江省省级名中医6名。拥有国家临床重点专科2个(风湿病科、外科)，国家中医药重点学科3个(中医痹病学、中医全科医学、中医预防医学)、国家中医药重点专科6个(肺病科、外科、护理学、风湿病科、肝病科、骨伤科)，浙江省一流学科建设项目1个、浙江省高校重点学科2个、浙江省中医药重点学科11个、重点专科专病10个。拥有全国优秀中医临床研修人才、全国中药特色技术传承人才、浙江省高校领军人才、浙江省卫生创新人才、省医坛新秀、省151人才、省中管局“新苗计划”等30余名。近年来，主持国家级课题40项，省部级课题82项，获各级科技成果奖64项，其中国家科技进步二等奖1项，省部级科技奖15项。拥有浙江省科技厅中西医结合防治性功能障碍重点实验室，浙江省中西医结合男科实验室、浙江省中西医结合代谢性骨病实验室。建有1个浙江省教育厅高校高水平创新团队(风湿病中医诊疗标准化研究团队)，设有中心实验室和泌尿男科研究所，同时为国家药物临床试验机构，伦理审查体系通过世界中医药学会联合会CAP认证。医院同时为国家中医医师规范化培训基地、浙江省中(西)医医师规范化培训基地，长期承担住院医师规范化培训工作。
学院承担本科生、硕士研究生、博士研究生招生及培养工作，自2016年以来共培养研究生1435名，其中博士研究生74名、硕士研究生1361名。近3年执业医师通过率92%，省论文抽检合格率100%，毕业生初次就业率为97.3%，从事本专业比例95%，攻读博士比例3%。其中1人获浙江省第五届互联网+创新创业大赛金奖，4人获中国第五届互联网+创新创业大赛铜奖，1人被浙江省推荐参加全国“百名研究生党员标兵”评选，1人获浙江省“十佳大学生”入围奖，1人获浙江省“自强之星”荣誉，30人获浙江省优秀毕业生荣誉，28人获研究生国家奖学金，6人获“复元奖学金”，10人获校“十佳学术之星”称号，毕业研究生均获得用人单位的一致好评。
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